پدینگتون که توانسته پس از گذراندن ماجراهای قسمت اول در خانواده‌ی براون جایگاهی برای خود دست و پا کند ، اکنون در تلاش است با انجام دادن شغل‌های مختلف , پولی پس‌انداز کند و هدیه‌ای ویژه برای تولد 100 سالگی عمه‌اش بخرد.
خرس کوچولویی به نام "پدینگتون" برای پیدا کردن خانه‌ای عازم شهر لندن می شود، اما در این شهر گم می شود. در همین حال خانواده ای انگلیسی این خرس بی پناه اهل پرو را پیدا می کنند و نام ایستگاهی که او را در آن پیدا کردند را بر روی او قرار می دهند و از او می خواهند به آنها ملحق شود تا وضعیتش سر و سامان بگیرد. از طرف دیگر مسئول خشک کردن حیوانات در یک موزه به نام میلیسنت (نیکول کیدمن) به سختی در پی آن است تا پدینگتون را به دام بیندازد...
این فیلم براساس یک داستان واقعی ساخته و پرداخته شده است،«بنجامین می» (مت دیمون) که به تازگی از کار خود استعفا داده، تصمیم می گیرد تا یک مزرعه بخرد اما زمانی که به مزرعه می رود متوجه می شود که انجا یک باغ وحش تقریبا متروکه با ۲۰۰ حیوان گوناگون است...
یک نوجوان ۱۶ ساله به نام ژاکوب پورتمن (ایسا باترفیلد) که یک پناه گاه سری در یک جزیره کشف میکند که در آنجا، کودکان غیرعادی که دارای توانایی های خاصی هستند توسط یک زن (اوا گرین) نگهداری می شوند. ژاکوب قصد دارد با کودکان و افراد ساکن در این جزیره آشنا شود ولی متوجه می شود که اتفاقاتی درحال وقوع است که ممکن است برای آنها خطرناک باشد…
